Parfois, le parfum émanait directement de lui, quelquefois de ses vêtements ou d’objets qu’il avait touchés; en d’autres moments, le parfum se manifestait en certains endroits où il était passé.

Abbé Modestino a raconté: «Ce fait s’est produit alors que j’étais en vacances à San Giovanni Rotondo. Le matin, je me présentai à la sacristie pour servir la messe aux côtés de Padre Pio, mais d’autres se disputaient déjà cet honneur. Interrompant leur discussion, Padre Pio leur dit qu’il n’y aurait qu’un seul servant de messe et que ce serait moi. Tout le monde se tut. J’accompagnai Padre Pio jusqu’à l’autel de saint François et, sitôt la grille refermée, je commençai à servir la sainte messe dans un recueillement absolu. Au Sanctus, je pensai que j’aimerais bien sentir à nouveau le parfum exquis que j’avais remarqué auparavant, quand je baisais la main de Padre Pio. Immédiatement, une vague de parfum m’enveloppa, ne cessant d’augmenter, au point où j’en eus le souffle coupé. Craignant de défaillir, je m’agrippai à la balustrade. Comme je redoutais de m’évanouir, je priai mentalement Padre Pio de m’éviter une chute qui aurait sûrement inquiété les fidèles. Au moment même, l’odeur de parfum cessa. Le soir, en raccompagnant Padre Pio à sa cellule, je lui demandai des explications sur ce phénomène. Il me répondit: «Mon fils, je n’en sais rien: c’est le Seigneur qui agit. Il dispense ses parfums à qui Il veut, quand Il le veut. Tout arrive selon sa grâce.»

À Bologne, une femme de 24 ans s’était fracturé le bras droit auquel, trois ans auparavant, elle avait dû être opérée après un accident grave. Après une seconde intervention, en plus de soins douloureux et prolongés, le chirurgien annonça au père de la jeune femme qu’elle n’aurait plus l’usage de son bras qui, après l’échec d’une greffe osseuse qui avait requis l’ablation d’une section de l’omoplate, était ankylosé. Découragés, père et fille partirent pour San Giovanni Rotondo, où ils rencontrèrent Padre Pio, qui les bénit et leur dit: «Ne désespérez pas! Confiez-vous au Seigneur et le bras guérira.» C’était à la fin du mois juillet 1930. La malade revint à Bologne sans que l’état de son bras se fût amélioré. Padre Pio se serait-il trompé? Avec le temps, on oublia un peu cette affaire. Le 17 septembre, anniversaire de la stigmatisation de saint François, l’appartement dans lequel vivait la famille fut envahi d’un extraordinaire parfum de roses et de jonquilles. Ce phénomène dura un quart d’heure environ, à la grande stupeur des locataires, qui se demandaient d’où pouvait bien provenir ce parfum. Le même jour, la jeune femme recouvra l’usage de son bras. Une radiographie, que la jeune femme conserva précieusement, montra nettement la régénération de l’os et du cartilage.

Une dame a raconté: «Après un accident, mon époux était entre la vie et la mort et fut transporté à l’hôpital de Taranto (Italie). Les médecins craignaient de ne pouvoir le sauver. Chaque jour, en allant faire une visite à mon mari, je m’arrêtais pour prier devant une statue de Padre Pio qui se trouvait près de l’hôpital. Un jour, je reçus un signe du saint: un merveilleux parfum de lys. Par la suite, l’état de mon époux ne cessa de s’améliorer, jusqu’à guérison complète.»

C’est par un étrange concours de circonstances qu’un homme entendit parler de Padre Pio. Il a raconté: «J’entendis pour la première fois le nom de Padre Pio, cet extraordinaire religieux, après la guerre, par un ami, journaliste comme moi, qui en parlait beaucoup. Il connaissait bien Padre Pio et en parlait avec un enthousiasme que je trouvais exagéré. Ma première réaction fut l’incrédulité et l’indifférence, surtout lorsque mon ami me parla de certains phénomènes, notamment certaines odeurs de parfum qui signalaient la présence ou l’intercession de Padre Pio, parfois à distance considérable. Cependant, j’observai à mon tour certains faits étranges. Par exemple, je perçus un jour un intense parfum de violettes en un lieu où il n’y avait pas de violettes. Je pensai aussitôt à Padre Pio, craignant tout de même de céder à l’autosuggestion. Quelque temps plus tard, alors que j’étais en vacances avec mon épouse, je me rendis à la gare pour poster une lettre et là, je perçus à nouveau, bien que plus fortement, cette fois, l’inoubliable parfum de violettes. Comme j’étais absorbé dans mes réflexions au sujet du parfum, mon épouse me demanda: «Sens-tu ce parfum? Je me demande d’où il peut venir …» Étonné, je lui répondis que ce parfum était en quelque sorte la signature de Padre Pio et que, ces derniers temps, une pénétrante odeur de violettes me suivait un peu partout. Mon épouse me dit: «Si j’étais toi, j’irais faire un tour à San Giovanni Rotondo.» Le lendemain, nous nous y rendîmes. Une fois sur place, Padre Pio me dit: «Ah, voilà notre héros; on pourra dire qu’il s’est fait prier …» J’eus une conversation avec lui et, depuis ce temps, ma vie a changé.»

Une dame a raconté: «J’avais de graves problèmes aux yeux, de sorte que je souffrais et pouvais à peine voir. Je consultai nombre de médecins et après maintes analyses, on diagnostiqua une hémorragie oculaire irréversible et une tumeur probable à l’hypophyse. J’éprouvai une grande anxiété et une souffrance considérable quand j’appris que le médecin regardait ma maladie comme incurable. En passant près de la ville de Bénévent, je voulus me rendre jusqu’à Pietrelcina, où j’eus la chance de visiter des lieux où Padre Pio avait été invité. Pendant la visite en l’un de ces derniers endroits, une émotion indicile me gagna et, alors que je priais pour les membres de ma famille, je perçus une intense odeur d’encens. Dans le train qui me ramenait à Rome, je méditai ce qui était arrivé et regrettai de ne pas avoir prié Padre Pio pour mes yeux malades. Sans plus attendre, je demandai, avec foi, son intervention. L’aide du Père ne se fit pas attendre: mon état s’améliora de jour en jour, de sorte qu’après peu de temps, je recouvris complètement la vue. Le spécialiste que je rencontrai pas la suite ne put que constater, avec étonnement, que le champ visuel s’était rétabli de façon à la fois complète et prodigieuse.»

Un célèbre avocat et fidèle de Padre Pio a raconté: «Un jour, je me trouvais en la vieille chapelle du couvent pour participer à la messe, la longue messe de Padre Pio. Pris d’une distraction au moment de la consécration, je demeurai debout parmi tous les autres fidèles agenouillés. Ce fut une odeur pénétrante de violettes qui me ramena à la réalité; je m’agenouillai, sans trop penser au parfum que je venais de sentir. Selon mon habitude, après la messe, j’allai saluer Padre Pio, qui m’accueillit de cette phrase: «N’étais-tu un peu distrait, aujourd’hui?» Je répondis: «Heureusement, votre parfum m’a tiré de ma distraction.» Padre Pio reprit: «Parfum? Mais ce sont des gifles que tu mériterais.»